MI Ma’arif Setono diresmikan pada tanggla 1 Agustus 1959 oleh Organisasi NU Setono. Tokoh-tokoh pendiri MI Ma’arif Setono ini adalah Ahmad Ba’asyir, K. Abdul Aziz, Syajid Singodimejo, dan M. Umar.
MI Ma’arif Setono didirikan di atas tanah wakaf dari Bapak Ahmad Ba’asyr dan Bapak Slamet, Hs dengan luas tanah 756 m2 dan luas bangunan 480 m2. Pada tanggal 19 Agustus 2002 tanah wakaf tersebut baru diproses ke PPAIW dan kantor agraria dengan nomor W. 2. a/ 06/ 02 th 2002 dan w. 2 a/05/02 th 2002.
Pada awal didirikan kegiatan belajar mengajar di Madrasah ini dilaksanakan pada sore hari dengan nama Madin Ma’arif Setono, kemudian atas dasar keputusan Menteri Agama RI no. K/4/C.N/Agama pada tanggal 1 Maret 1963 (1 Syawal 1382) serta Departemen Agama Kabupaten Ponorogo no. m/3/;195/A/1987, Madrasah ini diakui dan diberi nama MWB (Madrasah Wajib Belajar) dengan kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pagi hari. Pada waktu itu Ujian Akhir Nasional untuk kelas masih bergabung dengan Sekolah Dasar karena masih belum dapat melaksanakan ujian sendiri.
Setelah ada keputusan (SKB) tiga materi, Madrasah wajib belajar mengubah menjadi Madrasah Ibtidaiyah setara dengan SD dengan Ijazah yang juga setara dengan SD. MI Ma’arif Setono dapat melaksanakan UAN sendiri dibawah pengawasan Departemen Agama, MI Ma’arif Setono juga mendapatkan bantuan dari Depag Kabupaten Ponorogo.
Dari awal didirikan hingga sekarang, MI Ma’arif Setono mengalami enam pergantian Kepala Sekolah, yaitu:
- Maesaroh, A. MA (1968-1972)
- Daroini, BA (1973-1977)
- Sandi Idris, BA (1978-1982)
- Sudjiono (1983-2003)
- Suparmin, A. MA (2003-2007)
- Maftoh Zaenuri, S. Ag (2007- 2016)
- Muhammad Mansur, S.Pd.I (2016 – Sekarang)