Pada tahun ajaran 2025/2026, MI Ma’arif Setono menerapkan Kurikulum Merdeka dengan pendekatan Pembelajaran Mendalam (Deep Learning) dan Kurikulum Berbasis Cinta. Kurikulum ini berlaku untuk seluruh siswa kelas 1 sampai kelas 6. Struktur Kurikulum MI Setono diadaptasi dari Permendikdasmen RI Nomor 13 Tahun 2025 serta KMA 450 Tahun 2024.
